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到了爪哇岛的内部，曲烈的海军虽然强横，但也不能把船开到岛上去消灭敌人，另外海军陆战队虽然比较强悍，但毕竟都是汉人，对南洋雨林的气候还是不太适应，而且他们又不熟悉爪哇的地形，根本不可能追到爪哇内部去消灭特林加纳的残军。
不过这也没有关系，曲烈虽然不能直接派陆战队去攻打特林加纳，不过他手下还有苏南.吉里那里的宗教军，随着淡目王国的覆灭，这些宗教军已经没有了用处，甚至还可能会给爪哇带来新的威胁，但直接解散也不太好，现在刚好可以派上用场，让他们去清剿特林加纳带领的残余淡目军队，反正他们都是爪哇人，在地利方面都不吃亏。
苏南.吉里这些穆斯林贵族在帮助曲烈灭掉了淡目王国后，就一直担心大明军队会不守信用，毕竟南洋的汉人一向都以精明著称，否则也不会积累起那么大的农业，现在这位大明的将军万一在事后翻脸不认人的话，那他们可就惨了。
幸好曲烈知道自己代表着朝廷，出尔反尔这种事他还做不出来，另外留下苏南.吉里这里穆斯林贵族，也有利于爪哇的稳定，日后方便大明的移民，所以他在占据了苏腊后，就宣布爪哇成为大明的领土，只要愿意接受大明统治的土人，日后就会受到大明的保护，这条命令也使得那些穆斯林贵族终于放下心来。
也正是因为自己的地位与财富得到了保障，所以苏南.吉里这些穆斯林贵族也改变了之前对大明即合作又防备的态度，开始全力协助曲烈清剿淡目王国的残余力量，毕竟他们既然已经灭掉了淡目王国，那就要消灭的彻底，否则万一哪天淡目王国死灰复燃，到时他们这些人就会是第一批被清算的人。
清剿淡目王国残余的事情交给苏南.吉里这里人，曲烈则开始着手爪哇岛的治理，在他的舰队出发之后，周重很快就组织了一批官员入驻爪哇，甚至在这些官员到达之前，总督府就已经将爪哇岛上的州县都给划分好了，毕竟前段时间的情报收集也不是白做的。
其实在苏腊港被攻破的那一刻，爪哇岛就已经落入到了大明的魔爪中，无论是战死的优努斯，还是苟延残喘的特林加纳，他们无论做出什么样的努力，都不可能影响爪哇的大局，毕竟现在大明就像是一头被周重亲手放出来的猛兽，只要是被他看上的猎物，就绝对逃不脱他锋利的爪牙，任何地方只要被咬上一口，那么接下来就会被大明这头猛兽生吞活剥。
随着大明官员在爪哇各地的就位，大明的移民也随后就赶往爪哇，这次移民与最初的灾害移民不同，因为他们都是自愿迁往爪哇的移民，毕竟相比金洲和婆罗洲那些遍布密林的地方，爪哇却是南洋开发程度最高的岛屿，那里不但有大量的良田，同时也分布着不少的矿藏，特别是金矿，并不比金洲少，而且都是正在开采的金矿，这可比那些刚刚发现的金矿要强多了，至少投入的资金就会少许多。
随着这些大明移民的进入，大明对爪哇岛的统治也慢慢的稳定下来，只不过因为爪哇岛上的土人数量实在太多了，经过初步的估计，最少也在两百万到四百万之间，之所以有这么大的误差，那是因为许多的土人都居住的深山老林之中，而且以前的淡目王国也没能完全统治爪哇岛上的土人部落，所以大明想要搞清楚岛上土人的数量，简直是一个不可能完成的任务，只能通过其它的方面朝廷估计。
如此庞大的土人数量，而且因为爪哇岛上的文明程度较高，这些土人大多都居住的十分紧密，如此一来，若是再使用高压政策的话，很可能会引发土人的暴乱，若真的让上百万的土人暴乱起来，那可不是轻易就能镇压下去的。但这么多的土人聚居在一起，日后也很可能引发其它的乱子，所以迁入大明移民是一方面，另一方面也必须要降低爪哇岛上的土人数量。
屠杀是不可能的，否则会引起爪哇的再次动乱，如此一来，那就只剩下迁移了，反正南洋地方这么大，很多岛屿都是丛林密布，比如婆罗洲和金洲的大部分地区，都需要进行前期的开发才适合人类居住，爪哇岛上的土人刚好可以用来做这件事，于是在大明官员或威逼或利诱的手段下，爪哇土人开始了一段长达近百年的迁移史。